Painéis de polimorfismo de nucleotídeo único na autenticação racial de porco Pelado no México
Resumo
Painéis massivos de genotipagem de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) foram avaliados para criar uma estratégia de autenticação e identificação racial para porco Pelado. Três populações de porco Pelado dos estados de Nayarit (n=10), Oaxaca (n=10) e Yucatán (n=143), México, foram genotipadas com o chip porcine-GGP-50K, e genótipos para as raças Duroc (n=66), Hampshire (n=33), Landrace (n=95), Large White (n=47), Pietrain (n=42) e Iberico hairless (n=15) foram adicionados. Três estratégias envolvendo painéis de SNP relatados anteriormente e uma quarta estratégia envolvendo a combinação de todos os painéis de SNP foram avaliadas. Usando análise discriminante canônica (CDA), as correlações canônicas e porcentagens de discriminação racial foram obtidas e, com as duas primeiras variáveis canônicas, árvores de distância entre populações foram construídas. A separação racial foi alcançada com todas as quatro estratégias; quanto maior o número de SNPs utilizados, melhor a identificação do porco Pelado. O painel combinado com 96 SNPs alcançou 100 % de atribuição racial e teve a maior correlação canônica no CDA, revelando um agrupamento racial das três populações de porco Pelado próximo à população ibérica. Com os painéis de SNP, é possível alcançar a autenticação racial do porco Pelado e discriminá-lo de outras raças de suínos.
Downloads
Referências
FAO “Food and agriculture organization”. (2022). Domestic animal diversity information system (DAD-IS). http://www.fao.org/dad-is/regionalnational-nodes/efabis/en/.
Lemus-Flores, C., Prado, J. O. B., Bernal, R. V., Correa, J. C. S., & Sansor-Nah, R. (2023). Genetic relationships of the Yucatan black hairless pig with Iberian breeds using single nucleotide polymorfisms. Brazilian Journal of Veterinary Research and Animal Science, 60, e195697-e195697. https://doi.org/10.11606/issn.1678-4456.bjvras.2023.195697
Miao, J., Chen, Z., Zhang, Z., Wang, Z., Wang, Q., Zhang, Z., & Pan, Y. (2023). A web tool for the global identification of pig breeds. Genetics Selection Evolution, 55, 18. https://doi.org/10.1186/s12711-023-00788-0.
Moretti, R., Criscione, A., Turri, F., Bordonaro, S., Marletta, D., Castiglioni, B., & Chessa, S. (2022). A 20-SNP Panel as a Tool for Genetic Authentication and Traceability of Pig Breeds. Animals, 12(11), 1335. https://doi.org/10.3390/ani12111335.
Muñoz, M., García-Casco, J. M., Alves, E., Benítez, R., Barragán, C., Caraballo, C., & Silió, L. (2020). Development of a 64 SNV panel for breed authentication in Iberian pigs and their derived meat products. Meat Science. 167, 108152. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2020.108152.
Óvilo, C., Trakooljul, N., Núñez, Y., Hadlich, F., Murani, E., Ayuso, M., & Muñoz, M. (2022). SNP discovery and association study for growth, fatness and meat quality traits in Iberian crossbred pigs. Scientific Reports, 12,16361. https://doi.org/10.1038/s41598-022-20817-0.
Palma-Granados, P., García-Casco, J. M., Caraballo, C., Vázquez-Ortego, P., Gómez-Carballar, F., Sánchez-Esquiliche, F., & Muñoz, M. (2023). Design of a low-density SNP panel for intramuscular fat content and fatty acid composition of backfat in free-range Iberian pigs. Journal of Animal Science, 101, skad079. https://doi.org/10.1093/jas/skad079.
Pasupa, K., Rathasamuth, W., & Tongsima, S. (2020). Discovery of significant porcine SNPs for swine breed identification by a hybrid of information gain, genetic algorithm, and frequency feature selection technique. BMC Bioinformatics, 21, 216. https://doi.org/10.1186/s12859-020-3471-4.
Schiavo, G., Bertolini, F., Galimberti, G., Bovo, S., Dall’Olio, S., Costa, L. N., & Fontanesi, L. (2020). A machine learning approach for the identification of population-informative markers from high-throughput genotyping data: application to several pig breeds. Animal, 14(2), 223-232. https://doi.org/10.1017/S1751731119002167.
Wang, Z., Zhang, Z., Chen, Z., Sun, J., Cao, C., Wu, F., Xu, Z., Zhao, W., Sun, H., Guo, L., Zhang, Z., & Pan, Y. (2022). PHARP: A pig haplotype reference panel for genotype imputation. Scientific Reports, 12, 12645. https://doi.org/10.1038/s41598-022-15851-x.
Wilkinson, S., Wiener, P., Archibald, A. L., Law, A., Schnabel, R. D., McKay, S. D., & Ogden, R. (2011). Evaluation of approaches for identifying population informative markers from high density SNP Chips. BMC Genetics, 12, 45. https://doi.org/10.1186/1471-2156-12-45.
Wilkinson, S., Archibald, A. L., Haley, C. S., Megens, H. J., Crooijmans, R. P., Groenen, M. A., & Ogden, R. (2012). Development of a genetic tool for product regulation in the diverse British pig breed market. BMC Genomics, 13, 580, https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-580.
Yang, B., Cui, L., Perez-Enciso, M., Traspov, A., Crooijmans, R. P., Zinovieva, N., Schook, L., Archibald, A., Gatphayak, K., Knorr, C., Triantafyllidis, A., Alexandri, P., Semiadi, G., Hanotte, O., Dias, D., Dovc, P., Uimari, P. lacolina, L., Scandura, M., Groenen, M., Huang, L. & Megens, H. J. (2017). Genome-wide SNP data unveils the globalization of domesticated pigs. Genetics Selection Evolution, 49, 71. https://doi.org/10.1186/s12711-017-0345-y.
Zhang, C. Y., Wang, Z., Bruce, H. L., Janz, J., Goddard, E., Moore, S., & Plastow, G. S. (2014). Associations between single nucleotide polymorphisms in 33 candidate genes and meat quality traits in commercial pigs. Animal Genetics, 45(4), 508-516. https://doi.org/10.1111/age.12155.
Zhao, C., Wang, D., Teng, J., Yang, C., Zhang, X., Wei, X., & Zhang, Q. (2023). Breed identification using breed-informative SNPs and machine learning based on whole genome sequence data and SNP chip data. Journal of Animal Science and Biotechnology, 14, 85. https://doi.org/10.1186/s40104-023-00880-x.
Direitos de Autor (c) 2025 Clemente Lemus-Flores, Carlos Omar De la Cruz Moreno, Juan José Fernando Borrayo González, María Guadalupe Orozco Benítez, Miguel Angel Ayala-Valdovinos
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.
