Paneles de polimorfismos de un solo nucleótido en la autenticación racial del cerdo Pelón en México
Resumen
Con el objetivo de contar con una estrategia de autentificación e identificación racial del cerdo Hairless, fueron valorados paneles de polimorfismos de nucleótido único (SNP) de genotipificación masiva. Tres poblaciones de cerdo Pelón de los estados de Nayarit (10), Oaxaca (10) y Yucatán (143) México, fueron genotipificados con el chip porcine-GGP-50K, asimismo, se adicionaron genotipos para las razas Duroc (66), Hampshire (33), Landrace (95), Large White (47), Pietrain (42) e Ibérico lampiño (15). Se valoraron tres estrategias de paneles reportados y una cuarta estrategia con la combinación de todos los paneles de SNP. Con el análisis de discriminación canónica (ADC) se obtuvieron los valores de correlación canónica de discriminación, porcentaje de discriminación racial y con las dos primeras funciones canónicas se realizaron los árboles de distancias entre poblaciones. Las cuatro estrategias logran la separación racial, a mayor número de SNP empleados mejora la identificación del cerdo Pelón. El panel combinado con 96 SNP tuvo una asignación racial al 100 %, con mayor correlación canónica en el ADC, observándose un agrupamiento racial de las tres poblaciones de cerdo Pelón, cercano a Ibérico. Con los paneles de SNP se puede lograr la autentificación racial del cerdo Pelón y discriminarse de otras razas porcinas.
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Citas
FAO “Food and agriculture organization”. (2022). Domestic animal diversity information system (DAD-IS). http://www.fao.org/dad-is/regionalnational-nodes/efabis/en/.
Lemus-Flores, C., Prado, J. O. B., Bernal, R. V., Correa, J. C. S., & Sansor-Nah, R. (2023). Genetic relationships of the Yucatan black hairless pig with Iberian breeds using single nucleotide polymorfisms. Brazilian Journal of Veterinary Research and Animal Science, 60, e195697-e195697. https://doi.org/10.11606/issn.1678-4456.bjvras.2023.195697
Miao, J., Chen, Z., Zhang, Z., Wang, Z., Wang, Q., Zhang, Z., & Pan, Y. (2023). A web tool for the global identification of pig breeds. Genetics Selection Evolution, 55, 18. https://doi.org/10.1186/s12711-023-00788-0.
Moretti, R., Criscione, A., Turri, F., Bordonaro, S., Marletta, D., Castiglioni, B., & Chessa, S. (2022). A 20-SNP Panel as a Tool for Genetic Authentication and Traceability of Pig Breeds. Animals, 12(11), 1335. https://doi.org/10.3390/ani12111335.
Muñoz, M., García-Casco, J. M., Alves, E., Benítez, R., Barragán, C., Caraballo, C., & Silió, L. (2020). Development of a 64 SNV panel for breed authentication in Iberian pigs and their derived meat products. Meat Science. 167, 108152. https://doi.org/10.1016/j.meatsci.2020.108152.
Óvilo, C., Trakooljul, N., Núñez, Y., Hadlich, F., Murani, E., Ayuso, M., & Muñoz, M. (2022). SNP discovery and association study for growth, fatness and meat quality traits in Iberian crossbred pigs. Scientific Reports, 12,16361. https://doi.org/10.1038/s41598-022-20817-0.
Palma-Granados, P., García-Casco, J. M., Caraballo, C., Vázquez-Ortego, P., Gómez-Carballar, F., Sánchez-Esquiliche, F., & Muñoz, M. (2023). Design of a low-density SNP panel for intramuscular fat content and fatty acid composition of backfat in free-range Iberian pigs. Journal of Animal Science, 101, skad079. https://doi.org/10.1093/jas/skad079.
Pasupa, K., Rathasamuth, W., & Tongsima, S. (2020). Discovery of significant porcine SNPs for swine breed identification by a hybrid of information gain, genetic algorithm, and frequency feature selection technique. BMC Bioinformatics, 21, 216. https://doi.org/10.1186/s12859-020-3471-4.
Schiavo, G., Bertolini, F., Galimberti, G., Bovo, S., Dall’Olio, S., Costa, L. N., & Fontanesi, L. (2020). A machine learning approach for the identification of population-informative markers from high-throughput genotyping data: application to several pig breeds. Animal, 14(2), 223-232. https://doi.org/10.1017/S1751731119002167.
Wang, Z., Zhang, Z., Chen, Z., Sun, J., Cao, C., Wu, F., Xu, Z., Zhao, W., Sun, H., Guo, L., Zhang, Z., & Pan, Y. (2022). PHARP: A pig haplotype reference panel for genotype imputation. Scientific Reports, 12, 12645. https://doi.org/10.1038/s41598-022-15851-x.
Wilkinson, S., Wiener, P., Archibald, A. L., Law, A., Schnabel, R. D., McKay, S. D., & Ogden, R. (2011). Evaluation of approaches for identifying population informative markers from high density SNP Chips. BMC Genetics, 12, 45. https://doi.org/10.1186/1471-2156-12-45.
Wilkinson, S., Archibald, A. L., Haley, C. S., Megens, H. J., Crooijmans, R. P., Groenen, M. A., & Ogden, R. (2012). Development of a genetic tool for product regulation in the diverse British pig breed market. BMC Genomics, 13, 580, https://doi.org/10.1186/1471-2164-13-580.
Yang, B., Cui, L., Perez-Enciso, M., Traspov, A., Crooijmans, R. P., Zinovieva, N., Schook, L., Archibald, A., Gatphayak, K., Knorr, C., Triantafyllidis, A., Alexandri, P., Semiadi, G., Hanotte, O., Dias, D., Dovc, P., Uimari, P. lacolina, L., Scandura, M., Groenen, M., Huang, L. & Megens, H. J. (2017). Genome-wide SNP data unveils the globalization of domesticated pigs. Genetics Selection Evolution, 49, 71. https://doi.org/10.1186/s12711-017-0345-y.
Zhang, C. Y., Wang, Z., Bruce, H. L., Janz, J., Goddard, E., Moore, S., & Plastow, G. S. (2014). Associations between single nucleotide polymorphisms in 33 candidate genes and meat quality traits in commercial pigs. Animal Genetics, 45(4), 508-516. https://doi.org/10.1111/age.12155.
Zhao, C., Wang, D., Teng, J., Yang, C., Zhang, X., Wei, X., & Zhang, Q. (2023). Breed identification using breed-informative SNPs and machine learning based on whole genome sequence data and SNP chip data. Journal of Animal Science and Biotechnology, 14, 85. https://doi.org/10.1186/s40104-023-00880-x.
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