Aspectos metodológicos en el ensayo de evaluación de metano gastroentérico en búfalos de agua

Resumen

El metano (CH4) es un potente gas de efecto invernadero y los rumiantes son una fuente importante de aportes agrícolas. Se ha planteado la hipótesis de que las comunidades microbianas del rumen están controladas en última instancia por el genoma del huésped, pero se necesitan numerosas muestras para lograr resultados sólidos. Por lo tanto, la facilidad y representatividad del método de muestreo y la rentabilidad de la secuenciación a gran escala serán factores importantes para garantizar la viabilidad de un proyecto de investigación en este campo. El objetivo de este trabajo fue verificar si las muestras no invasivas podrían ser un indicador de la digesta ruminal y validar la concentración registrada por un detector láser de metano (LMD) en las fosas nasales midiendo la concentración real de CH4 en la cánula ruminal inmediatamente después de su apertura. El LMD es un sistema de monitoreo remoto de CH 4 en el aire, utilizado en otros rumiantes, pero los estudios en búfalos son escasos. El rayo láser apunta hacia la fuente para adquirir los datos. El ensayo tuvo como objetivo comparar un muestreo fácil (1’ durante una sesión de ordeño), con uno más largo y laborioso (5’ animales capturados en un muestreo). En cicno (5) búfalas canuladas, se analizaron varias matrices (contenido total del rumen, heces e hisopos bucales) para la recuperación de ADN. Se probaron dos hisopos bucales diferentes. Se analizaron fracciones de rumen sólidas y líquidas congeladas, heces tal cual, granuladas o en solución de glicerol conservante a temperatura ambiente. Se compararon diferentes protocolos para la extracción de ADN (protocolo WUR; Kit Maxwell® Promega; Kit Quick Extract™ Lucigen) y varios métodos de muestreo. La saliva era una matriz difícil de procesar y no produjo ADN satisfactorio, por lo que no es adecuada como sustituto. Las heces no mostraron diferencia en cuanto a los métodos de conservación y la recuperación  de ADN fue similar al rumen; sin embargo, se debe realizar análisis metagenómicos para verificar si la composición de especies también es comparable. Todos los métodos de extracción de ADN fueron satisfactorios: Quick Extract fue el más fácil de realizar, WUR dio como resultado la mayor cantidad de ADN y Kit Maxwell fue el que brindó el mejor rendimiento general. En cuanto a la medida de CH4, hubo una correlación significativa entre el valor más alto de emisión del rumen en la cánula y la intensidad y duración de la emisión de aire, calculada como aliento + eructos. Además, encontramos una diferencia muy significativa en los patrones de emisiones cuando los animales fueron sometidos a angustia (confinamiento, manipulación, etc.). LMD mostró diferentes tendencias de emisión bajo diferentes condiciones de muestreo, por lo que parece adecuado para la medición de CH4 en la especie de búfalo.